苗族的宗教信仰主要是原始宗教，重视拜山神、树神、猎神、雨神、火神等自然神祝，遇有暴风骤雨，要烧黄腊祭鬼；小孩生病，要拜献石头神；大人生病，要杀猪祭水井神，并取“灵水”治病；家有不幸，要“做牛鬼”，即“推牛还愿”，祈求神灵保佑。相信财神，并有“开财门祭”，祭瞬钉一方尺红布于门上，魔公呛咒，杀鸡献祭，以示求财。 

祖先崇拜在苗族中也很盛行，最大的祭祖节日是每年秋后的“西松”节；平时家人遇到认为不吉利的事，或做恶梦等，要杀鸡祭祖，并请魔公呛咒转达子孙对祖先神灵的祈求。部分苗族也信仰道教。祟奉观音、关帝、天王菩萨和盘瓢等神。有的苗族称巫师为“白马”，有的称为“昂”，有的称为“宛能”，昭通部分苗族称为“波摩”。

“波摩”曾有用汉文书写、读士音的经书。近百年来，基督教、天主教传人云南苗族地区，并在昭通、楚雄、曲靖等地分别成立基督复临安息日会演中分会(在富民)、基督教布道公会(在禄丰)、西南基督教联合会(在元谋)、西差会的内地会(在武定)以及石门坎教堂等教会组织，致使部分苗族信奉基督教和天主教。

苗族过去信仰万物有灵，崇拜自然，祀奉祖先。“祭鼓节”是苗族民间最大的祭祀活动。一般是七年一小祭，十三年一大祭。于农历十月至十一月的乙亥日进行，届时要杀一头牯子牛，跳芦笙舞，祭视先人。食时邀亲朋共聚一堂，以求增进感情，家庭和睦。